Flora fósil del Burdigaliense Inferior en Mallorca. 1.Persea balearica. 2 Fagus pliocenica. 3 Quercus drymeja. 4
Myrica balearica. 5 Pseudopanax balearica. 6 Typha sp. 7 Zantoxylum balearicum. 8 castanea balearica. 9 salix angusta. 10 Leucothoe balearica. 11 Machilus balearicum. 12 Nerium oleander. 13 Myrica faya. 14 Lygodium cf. gaudini. 15 Proteoides sp. Tomado de Colom, 1978. movimientos de la orogenia alpina que transformaron todo el dispositivo paleogeográfico del área balear y las temperaturas comenzaron a descender en todo el Hemisferio N. La tectónica mayor interviene afectando a los terrenos comprendidos entre el Muschelkalk y el Langhiniense Inferior. Es una tectónica tangencial, responsable de los pliegues orientados N-O con imbricaciones que provocan la superposición de tres unidades estructurales con cabalgamientos del SE al NO y que dan lugar a los relieves actuales formando las unidades de Aubarca, Llentrisca-Rei e Ibiza. Otra fase de contracciones sucede entre el Langheniense Inferior y el Tortoniense y va seguida de una erosión importante. En el Tortoniense el mar retrocede y deposita calizas claras que se pueden ver aflorando en el NE de Ibiza. En este momento las Baleares debieron estar unidas entre sí y con la Península Ibérica constituyendo un vasto promontorio. No obstante, a partir del Mioceno Superior este promontorio se ve
afectado por grandes fallas verticales y por importantes desgajamientos que provocan la insularidad de las
Baleares. El mar tortoniense era poco profundo y de salinidad normal. Según avanzaba el Mioceno el aumento de la termicidad fue reduciendo su tamaño y aumentando el contenido en sales. En el Messiniense continúa el mismo proceso y empiezan a fromarse las lagunas evaporíticas típicas. Este lago-mar perdió lentamente su comunicación con el Atlántico y fue progresivamente desecándose, dando lugar a una gran masa de evaporitas que ocuparon amplios espacions en la cuenca mediterránea. Todas las asociaciones de componente oligohalino y eurihalino se vieron especialmente favorecidas en este ambiente y pudieron extenderse sin problemas dada la gran cantidad de superficie que quedó emergida tras la desecación y la ausencia de barreras. Los datos estratigráficos revelan que el Mediterráneo se desecó repetidas veces (de 10 a 15) durante el Messiniense que duró aproximadamente un millón de años. La palinología indica que los periodos climáticos más frios de esta época coinciden con los periodos de desecación. Las plantas esteparias prosperaban pues en las fases desérticas y la flora húmeda prevalecía en torno a mares interiores. La regresión posterior del mar hizo que muchas de estas especies quedaran aisladas en islas, favoreciendo la aparición de especies vicariantes durante tiempos Pliocenos y Cuaternarios. Al inicio del Plioceno el arco Ceuta-Gibraltar se quiebra y las aguas atlánticas invaden la cuenca mediterránea en elvadas proporciones. Se empieza una nueva etapa totalmente distinta a la anterior. Los relieves ibicencos sufrieron una reducción muy marcada, quedando separados de Mallorca por el E y de la zona alicantina por el O, debido a la acción de grandes fallas que anularon estos primitivos contactos y dando así origen al conjunto Pitiúsico. 

El Plioceno es una fase de selección, adaptación y supervivencia de las futuras biotas baleáricas, sometidas por primera vez al ambiente estricto de la insularidad. El ambiente fue subtropical durante gran parte del Plioceno pero a partir del Villafranquiense casi todos los investigadores están de acuerdo en que se inició un gran cambio climático que resultaría fatal para gran parte de los organismos. Todas las plantas tropicales que quedaban desparecieron o emigraron hacia el sur y en seguida comenzaría el periodo glaciar que se extendería sobre media Europa y que convertiría al Meiterráneo en una zona fría y lluviosa. La llegada del Cuaternario impuso una alternancia de periodos fríos, con glaciaciones extensas en gran parte de Europa (que nunca llegaron hasta Ibiza), y otros más cálidos, en las fases de deshielo. Estas fases interglaciares, más o menos parciales según las épocas o regiones, originaban grandes ríos con las aguas del deshielo y arrastraban una gran cantidad de materiales rellenando sus cuencas de aluviones. Estas fases se representan por varios niveles de conglomerados. El clima mediterráneo se veía influído por los distintos periodos fríos o templados, afectando intensamente sobre los organismos vivos. Los niveles marinos oscilaban en función de estos ciclos y ejercían un importante papel erosivo sobre las costas de Ibiza. Esta erosión ha ido trabajando desde entonces sobre las islas formando los islotes y escollos que se encuentran repartidos desigualmente como simple proceso de disgregación costera. Son fragmentos de los ejes tectónicos que se prolongan en el mar y que desde el punto de vista biogeográfico son interesantes por los procesos de extinción y vicarianza que en ellos se ha generado El Cuaternario Medio se caracteriza por una fuerte regresión marina relacionada con la regresión del Riss y que dió lugar a la acumulación a lo largo de la zona litoral de potentes masas dunares. El Cuaternario Superior está bien representado en Baleares y se inicia con el cambio climático que tiene lugar tras la última glaciación del Riss. Acontece una fuerte transgresión marina que eleva el nivel del mar hasta cotas de unos 12-15 m. sobre el nivel actual. En la última glaciación, la del Wurm, el área insular de Baleares se ve fuertemente influenciada por las condiciones periglaciares. En Mallorca, se conoce la presencia de bosque caducifolio que debió ocupar las zonas más altas de la sierra N con arces (Acer opalus subsp. granatense), quejigos (Quercus faginea subsp. faginea), fresnos (Fraxinus angustifolia), tejos (Taxus baccata), boj (Buxus balearica), mostajo (Sorbus aria), guillomo (Amelanchier ovalis), eléboro (Helleborus foetidus), Tamus communis, etc... Con la progresiva termicidad del clima, el pino carrasco (Pinus halepensis) y la alsina (Quercus ilex subsp. ilex) fueron dominando los paisajes hasta ocupar toda la extensión de las islas. En Ibiza no debieron darse estas formaciones de caducifolios, pero si es posible que la alsina jugara un papel algo más importante que en la actualidad, donde es prácticamente inexistente.
Geología
Ibiza es una isla de naturaleza enteramente calcárea (molasas, calizas, conglomerados, margas, etc..). Comienza en el Triásico y la mayor parte de sus materiales son secundarios. L erosión posterior ha originado un paisaje de colinas o "puigs". Algunas de las zonas llanas interiores están cubiertas con materiales miocénicos y cuaternarios pero las zonas llanas más extensas son las zonas costeras aluviales de materiales cuaternarios (Pla de Portmany al O, Pla de Vila al E que se extiende hacia el N en el corredor de Eivissa-Sant Miquel y Pla de Santa Eulària y Es Figueral hacia el N-E). Estas zonas planas acaban en playas con forma de arco en contraste con las calas o cuevas en los frentes costeros.